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biomcp

作者 genomoncology · genomoncology/biomcp

從 20 多個生物醫學資料庫查詢基因、變異、試驗、藥物與論文,包含 ClinVar、PubMed、ClinicalTrials.gov,全部整合於單一 MCP。

BioMCP 由 Genomoncology 開發,統一了生物醫學資料存取:基因(MyGene、UniProt、Reactome、STRING、GTEx)、變異(ClinVar、gnomAD、CIViC、OncoKB)、文獻(PubMed、Europe PMC、Semantic Scholar)、臨床試驗(ClinicalTrials.gov、NCI)、藥物(ChEMBL、OpenTargets、Drugs@FDA)、疾病、路徑、蛋白質、不良事件等。

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~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json  · Windows: %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json
{
  "mcpServers": {
    "biomcp": {
      "command": "TODO",
      "args": [
        "See README: https://github.com/genomoncology/biomcp"
      ],
      "_inferred": true
    }
  }
}

開啟 Claude Desktop → Settings → Developer → Edit Config。儲存後重啟應用。

~/.cursor/mcp.json · .cursor/mcp.json
{
  "mcpServers": {
    "biomcp": {
      "command": "TODO",
      "args": [
        "See README: https://github.com/genomoncology/biomcp"
      ],
      "_inferred": true
    }
  }
}

Cursor 使用與 Claude Desktop 相同的 mcpServers 格式。專案級設定優先於全域。

VS Code → Cline → MCP Servers → Edit
{
  "mcpServers": {
    "biomcp": {
      "command": "TODO",
      "args": [
        "See README: https://github.com/genomoncology/biomcp"
      ],
      "_inferred": true
    }
  }
}

點擊 Cline 側欄中的 MCP Servers 圖示,然後選 "Edit Configuration"。

~/.codeium/windsurf/mcp_config.json
{
  "mcpServers": {
    "biomcp": {
      "command": "TODO",
      "args": [
        "See README: https://github.com/genomoncology/biomcp"
      ],
      "_inferred": true
    }
  }
}

格式與 Claude Desktop 相同。重啟 Windsurf 生效。

~/.continue/config.json
{
  "mcpServers": [
    {
      "name": "biomcp",
      "command": "TODO",
      "args": [
        "See README: https://github.com/genomoncology/biomcp"
      ]
    }
  ]
}

Continue 使用伺服器物件陣列,而非映射。

~/.config/zed/settings.json
{
  "context_servers": {
    "biomcp": {
      "command": {
        "path": "TODO",
        "args": [
          "See README: https://github.com/genomoncology/biomcp"
        ]
      }
    }
  }
}

加入 context_servers。Zed 儲存後熱重載。

claude mcp add biomcp -- TODO 'See README: https://github.com/genomoncology/biomcp'

一行命令搞定。用 claude mcp list 驗證,claude mcp remove 移除。

使用場景

實戰用法: biomcp

針對臨床相關性對患者基因變異進行初步評估

👤 遺傳諮詢師、臨床研究人員 ⏱ ~15 min advanced

何時使用: VCF 注釋回傳了一個從未見過的變異——它是否具有可操作性?

前置條件
  • biomcp installed — curl -fsSL https://biomcp.org/install.sh | bash
步驟
  1. 查詢變異
    查詢 BRCA2 c.7934del 的 ClinVar 臨床意義、gnomAD 頻率,以及任何 CIViC 證據。✓ 已複製
    → 來自多個來源的整合摘要卡
  2. 取得相關文獻
    找出引用次數最高的 3 篇關於此變異的 PubMed 文章。✓ 已複製
    → 含 PMID 的文獻清單
  3. 查詢臨床試驗
    是否有開放中的臨床試驗正在招募 BRCA2 突變攜帶者?✓ 已複製
    → 來自 ClinicalTrials.gov 的試驗清單

結果: 包含證據指標的多來源變異全貌。

注意事項
  • 無法取代臨床審查 — 務必由具備資格的臨床醫師進行審查——此工具僅為研究輔助,非診斷工具
  • 部分來源對變異分類意見不一 — 明確呈現分歧意見,不要將其平均化

進行針對性文獻回顧

👤 博士生、醫師、產業研究人員 ⏱ ~20 min intermediate

何時使用: 需要針對特定基因—疾病—藥物角度建立參考書目。

步驟
  1. 搜尋文章
    搜尋 PubMed + Europe PMC 中 2022-2026 年關於「KRAS G12C AND adagrasib」的文獻,並跨來源去重。✓ 已複製
    → 去重後的文獻清單
  2. 摘要整理
    針對引用次數前 10 名的文獻,提供標題與一行重點摘要。✓ 已複製
    → 附有注釋的參考書目

結果: 一份有依據的起始參考書目。

搭配使用: filesystem

查詢藥物的不良事件概況

👤 藥學人員、安全性團隊 ⏱ ~20 min intermediate

何時使用: 在推薦用藥前,查詢 OpenFDA / Drugs@FDA 的安全訊號。

步驟
  1. 查詢藥物
    針對 pembrolizumab:依據 OpenFDA FAERS 過去 5 年的資料,列出主要不良事件並依嚴重程度分類。✓ 已複製
    → 依排名排列的不良事件表格
  2. 背景脈絡
    FDA 說明書的預期不良事件概況與 FAERS 真實世界資料有何差異?✓ 已複製
    → 說明書與真實世界資料的比較

結果: 結合說明書與上市後資料的完整安全性全貌。

尋找符合患者條件的臨床試驗

👤 臨床醫師、患者倡導者 ⏱ ~25 min advanced

何時使用: 患者已用盡標準療法,需要掃描適合的試驗配對。

步驟
  1. 配對試驗
    尋找第 2/3 期、正在招募中、針對 EGFR exon 20 插入突變之第 IV 期 NSCLC 患者、位於美國的臨床試驗。✓ 已複製
    → 含 NCT ID 的試驗清單
  2. 摘要入組條件
    針對前 5 項試驗,摘要主要收案與排除條件。✓ 已複製
    → 每個試驗的資格摘要卡

結果: 一份供臨床討論使用的優先試驗配對清單。

組合

與其他 MCP 搭配,撬動十倍槓桿

biomcp + filesystem

將證據備忘錄儲存為本機 markdown 檔案

針對變異 BRCA2 c.7934del,產生一頁證據備忘錄並儲存至 ~/research/brca2-7934.md。✓ 已複製

跨 biomcp 查詢建立個人文獻資料庫

每當我透過 biomcp 標記一篇文獻,也同步匯入 documentation-server 以供未來 RAG 查詢使用。✓ 已複製

工具

此 MCP 暴露的能力

工具輸入參數何時呼叫成本
gene symbol or id, sources?: str[] 基因層級查詢 multiple upstream calls
variant hgvs|rsid|position 變異解讀 multiple upstream calls
article query or pmid 文獻搜尋 PubMed/Europe PMC/S2 calls
trial query/condition/phase/status 臨床試驗配對 CT.gov + NCI CTS calls
drug name or id 藥物概況查詢 multiple calls
disease name or MONDO id 疾病背景脈絡查詢 multiple calls
adverse_event drug or reaction 安全性分析 OpenFDA calls

成本與限制

運行它的成本

API 配額
預設使用公開 API。設定金鑰可提升限制:NCBI_API_KEY、S2_API_KEY、ONCOKB_TOKEN、OPENFDA_API_KEY、NCI_API_KEY
每次呼叫 Token 數
整合後的實體回應約 1-5k tokens
費用
免費;部分進階來源(OncoKB 臨床資料)即使有金鑰仍需授權
提示
若需大量文獻查詢,建議申請 NCBI_API_KEY(免費)——可將 PubMed 速率提升至三倍。

安全

權限、密鑰、影響範圍

憑證儲存: 各供應商金鑰透過環境變數設定
資料出站: 呼叫生物醫學公開 API;查詢內容本身可能具敏感性(例如患者變異資料等)

故障排查

常見錯誤與修復

Rate limited on PubMed

設定 NCBI_API_KEY 以提升速率限制。

驗證: Check NCBI API Key page
OncoKB returns 403

OncoKB 需要 token;請至 oncokb.org 註冊並設定 ONCOKB_TOKEN。

驗證: curl -H 'Authorization: Bearer $ONCOKB_TOKEN' https://www.oncokb.org/api/v1/utils/numbers
No results for a known gene symbol

部分基因符號有別名;請同時嘗試兩種寫法(例如 ERBB2 與 HER2)。

驗證: Search on genecards.org

替代方案

biomcp 對比其他方案

替代方案何時用它替代權衡
Individual databases via direct REST只需查詢單一來源時無去重或跨來源連結功能
OpenTargets Platform directly主要關注標靶—疾病證據時覆蓋範圍較窄

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資源

📖 閱讀 GitHub 上的官方 README

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