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paper-search-mcp

作者 openags · openags/paper-search-mcp

arXiv、PubMed、bioRxiv、Semantic Scholar など20以上のソースから学術論文を検索・ダウンロード — 無料優先戦略です。

openags/paper-search-mcp は、プレプリントサーバー、生物医学データベース、メタデータプロバイダー、オープンアクセスリポジトリ全体で学術検索とダウンロードを統一する Python MCP です。キーを提供すると、有料ソース(IEEE、ACM)がサポートされます。

なぜ使うのか

主な機能

ライブデモ

実際の動作

paper-search.replay ▶ 準備完了
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インストール

クライアントを選択

~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json  · Windows: %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json
{
  "mcpServers": {
    "paper-search": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "paper-search-mcp"
      ],
      "_inferred": true
    }
  }
}

Claude Desktop → Settings → Developer → Edit Config を開く。保存後、アプリを再起動。

~/.cursor/mcp.json · .cursor/mcp.json
{
  "mcpServers": {
    "paper-search": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "paper-search-mcp"
      ],
      "_inferred": true
    }
  }
}

Cursor は Claude Desktop と同じ mcpServers スキーマを使用。プロジェクト設定はグローバルより優先。

VS Code → Cline → MCP Servers → Edit
{
  "mcpServers": {
    "paper-search": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "paper-search-mcp"
      ],
      "_inferred": true
    }
  }
}

Cline サイドバーの MCP Servers アイコンをクリックし、"Edit Configuration" を選択。

~/.codeium/windsurf/mcp_config.json
{
  "mcpServers": {
    "paper-search": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "paper-search-mcp"
      ],
      "_inferred": true
    }
  }
}

Claude Desktop と同じ形式。Windsurf を再起動して反映。

~/.continue/config.json
{
  "mcpServers": [
    {
      "name": "paper-search",
      "command": "uvx",
      "args": [
        "paper-search-mcp"
      ]
    }
  ]
}

Continue はマップではなくサーバーオブジェクトの配列を使用。

~/.config/zed/settings.json
{
  "context_servers": {
    "paper-search": {
      "command": {
        "path": "uvx",
        "args": [
          "paper-search-mcp"
        ]
      }
    }
  }
}

context_servers に追加。保存時に Zed がホットリロード。

claude mcp add paper-search -- uvx paper-search-mcp

ワンライナー。claude mcp list で確認、claude mcp remove で削除。

ユースケース

実用的な使い方: paper-search-mcp

プロンプトから文献レビュー参考文献を構築する方法

👤 研究者、大学院生 ⏱ ~30 min intermediate

使うタイミング: 新しいトピック、20~50の論文の開始セットが必要です。

前提条件
  • uv — brew install uv
フロー
  1. 広範な検索
    search_papers 'mechanistic interpretability attention heads' across arXiv、Semantic Scholar、OpenAlex で実行。被引用数の上位30を返してください。✓ コピーしました
    → タイトル、著者、被引用数を含むクロスソースリスト
  2. 上位の論文をダウンロード
    被引用数の上位10について、/papers/interp/ に download_with_fallback を実行。✓ コピーしました
    → PDF が保存される
  3. アブストラクトを抽出
    各 PDF のアブストラクトを読んで、グループ化されたサマリーを作成してください。✓ コピーしました
    → グループ化された参考文献

結果: 実際に読める開始参考文献です。

注意点
  • ソース間の重複エントリ — ランク付け前に DOI で重複排除
  • OA版のない閉鎖アクセス論文 — download_with_fallback を使用。最初に OA ミラー(arXiv、Unpaywall)を試します。
組み合わせ: filesystem

特定の日付以降のトピックの最新論文を見つける方法

👤 急速に発展する分野を追跡する研究者 ⏱ ~20 min beginner

使うタイミング: 週刊・月刊スキャン。

フロー
  1. 日付指定検索
    search_arxiv 'constitutional AI' 2026-01-01 以降に送付。日付で降順に並べ替え。✓ コピーしました
    → 最新リスト
  2. 新しいアブストラクトを読む
    各新論文について、アブストラクトを取得して以下でタグ付けしてください:既存研究を確認 / 拡張 / 矛盾 / 無関係✓ コピーしました
    → タグ付けされたトリアージ

結果: フィード全体を読み込むことなく、最新の見方です。

組み合わせ: notion

PubMed + Europe PMC で臨床主張をクロスチェックする方法

👤 臨床医、バイオテク研究者 ⏱ ~25 min intermediate

使うタイミング: 患者向けドキュメントが主張を述べており、検証したい場合。

フロー
  1. PubMed を検索
    search_pubmed 'metformin cognitive decline' — RCT のみ、2020年以降。✓ コピーしました
    → RCT リスト
  2. 必要に応じて Europe PMC から全体コンテキストを取得
    上位5つについて、Europe PMC に全文(OA)があるかチェック。✓ コピーしました
    → 利用可能な場合は全文

結果: ソースに基づく検証です。

注意点
  • 臨床上の決定についてアブストラクトだけに頼らない — 引用する前に実際の方法論を読む

組み合わせ

他のMCPと組み合わせて10倍の力を

paper-search + markdownify

ダウンロードした PDF を RAG 取り込み用にマークダウンに変換

/papers/interp/ 内のすべての PDF について、pdf-to-markdown を実行して /kb/papers/ に保存してください。✓ コピーしました
paper-search + deep-research

ディープリサーチレポートのソースを arXiv に対してクロスチェック

このディープリサーチレポートが与えられた場合、引用から漏れている 2024-2026 年の arXiv 論文を特定してください。✓ コピーしました
paper-search + notion

研究読書ログを保持

新しくダウンロードされた各論文を、タイトル、著者、DOI、および3行のサマリーを含む Notion の「Reading Log」データベースに追加してください。✓ コピーしました

ツール

このMCPが提供する機能

ツール入力呼び出すタイミングコスト
search_papers query, sources?: str[], limit?: int, year_min?: int マルチソース検索 無料(公開 API)
download_with_fallback doi_or_arxiv_id, dest_dir 利用可能な最適なルートで PDF を取得 無料
search_arxiv query, sort?, year_min? arXiv 固有 無料
download_arxiv arxiv_id, dest_dir arXiv PDF を取得 無料
search_pubmed query, filters? 生物医学検索 無料
search_semantic_scholar query 引用を考慮した検索 無料
search_biorxiv query 生物プレプリント 無料

コストと制限

運用コスト

APIクォータ
公開 API には IP ごとのレート制限があります(arXiv 3 req/s、PubMed キー なし 3/s)
呼び出しあたりのトークン
検索メタデータ:論文あたり 200~1000 トークン; PDF はファイルベース(トークンコストなし)
金額
公開ソースは無料、有料ソース(IEEE、ACM)は独自のキーが必要
ヒント
無料の NCBI API キーを取得して PubMed レート 10 倍; arXiv はキーがありませんが 3 req/s の制限を守る。

セキュリティ

権限、シークレット、影響範囲

最小スコープ: ダウンロードディレクトリへのファイルシステム書き込み 有料ソース用のオプションキー
認証情報の保管: オプション API キー用の環境変数
データ送信先: 有効化した公開学術 API にヒット
絶対に付与しない: 破壊的な操作はなし — すべて読み取り/ダウンロード

トラブルシューティング

よくあるエラーと対処法

429 レート制限

スロットル — arXiv は最大 3 req/s、PubMed キー なし 3/s。バックオフしてください。

closed-access DOI に対して download_with_fallback が失敗

合法的な無料ソースは存在しません。図書館の購読を使用してください。このツールは OA ルートのみを使用します。

検索がソースのウェブサイトより少ない結果を返す

一部の API はその UI より狭いインデックスを持ちます。広範なカバレッジを持つ search_semantic_scholar でクロスチェック。

PDF がダウンロードされたが読めない

ソースは PDF の代わりに HTML スプラッシュページを返す可能性があります。ファイルの種類をチェックして、問題トラッカーで報告してください。

確認: file path/to/downloaded.pdf

代替案

paper-search-mcp 他との比較

代替案代わりに使う場面トレードオフ
arxiv-mcparXiv だけが必要で、他は不要単一ソースのみ
deep-research MCP単なる検索ではなく、合成を望むLLM コスト、異なる形状

その他

リソース

📖 GitHub の公式 README を読む

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