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biomcp

作者 genomoncology · genomoncology/biomcp

ClinVar、PubMed、ClinicalTrials.gov など20以上の生物医学データベースから、遺伝子・バリアント・臨床試験・薬剤・論文を一つのMCPで検索できます。

Genomoncology が開発した BioMCP は、生物医学データアクセスを統合します:遺伝子(MyGene、UniProt、Reactome、STRING、GTEx)、バリアント(ClinVar、gnomAD、CIViC、OncoKB)、論文(PubMed、Europe PMC、Semantic Scholar)、臨床試験(ClinicalTrials.gov、NCI)、薬剤(ChEMBL、OpenTargets、Drugs@FDA)、疾患、パスウェイ、タンパク質、有害事象などに対応しています。

なぜ使うのか

主な機能

ライブデモ

実際の動作

biomcp.replay ▶ 準備完了
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インストール

クライアントを選択

~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json  · Windows: %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json
{
  "mcpServers": {
    "biomcp": {
      "command": "TODO",
      "args": [
        "See README: https://github.com/genomoncology/biomcp"
      ],
      "_inferred": true
    }
  }
}

Claude Desktop → Settings → Developer → Edit Config を開く。保存後、アプリを再起動。

~/.cursor/mcp.json · .cursor/mcp.json
{
  "mcpServers": {
    "biomcp": {
      "command": "TODO",
      "args": [
        "See README: https://github.com/genomoncology/biomcp"
      ],
      "_inferred": true
    }
  }
}

Cursor は Claude Desktop と同じ mcpServers スキーマを使用。プロジェクト設定はグローバルより優先。

VS Code → Cline → MCP Servers → Edit
{
  "mcpServers": {
    "biomcp": {
      "command": "TODO",
      "args": [
        "See README: https://github.com/genomoncology/biomcp"
      ],
      "_inferred": true
    }
  }
}

Cline サイドバーの MCP Servers アイコンをクリックし、"Edit Configuration" を選択。

~/.codeium/windsurf/mcp_config.json
{
  "mcpServers": {
    "biomcp": {
      "command": "TODO",
      "args": [
        "See README: https://github.com/genomoncology/biomcp"
      ],
      "_inferred": true
    }
  }
}

Claude Desktop と同じ形式。Windsurf を再起動して反映。

~/.continue/config.json
{
  "mcpServers": [
    {
      "name": "biomcp",
      "command": "TODO",
      "args": [
        "See README: https://github.com/genomoncology/biomcp"
      ]
    }
  ]
}

Continue はマップではなくサーバーオブジェクトの配列を使用。

~/.config/zed/settings.json
{
  "context_servers": {
    "biomcp": {
      "command": {
        "path": "TODO",
        "args": [
          "See README: https://github.com/genomoncology/biomcp"
        ]
      }
    }
  }
}

context_servers に追加。保存時に Zed がホットリロード。

claude mcp add biomcp -- TODO 'See README: https://github.com/genomoncology/biomcp'

ワンライナー。claude mcp list で確認、claude mcp remove で削除。

ユースケース

実用的な使い方: biomcp

患者の遺伝子バリアントの臨床的意義をトリアージする

👤 遺伝カウンセラー、臨床研究者 ⏱ ~15 min advanced

使うタイミング: VCFアノテーションで見たことのないバリアントが検出された場合 — アクショナブルかどうかを判断したいとき

前提条件
  • biomcpがインストール済みであること — curl -fsSL https://biomcp.org/install.sh | bash
フロー
  1. バリアントを検索する
    BRCA2 c.7934delを調べてください。ClinVarの臨床的意義、gnomADの頻度、CIViCのエビデンスを確認してください。✓ コピーしました
    → 複数ソースからの統合カード
  2. 関連論文を取得する
    このバリアントに関する被引用数上位3件のPubMed論文を見つけてください。✓ コピーしました
    → PMID付きの論文リスト
  3. 臨床試験を確認する
    BRCA2変異キャリアを募集中の臨床試験はありますか?✓ コピーしました
    → ClinicalTrials.govからの試験リスト

結果: エビデンスへのポインタを含む、複数ソースに基づくバリアントの全体像

注意点
  • 臨床レビューの代替にはならない — 必ず有資格の臨床医にレビューを依頼してください — これは研究支援ツールであり、診断ではありません
  • ソース間でバリアント分類が一致しない場合がある — 不一致を明示的に提示し、平均化しないでください

ターゲットを絞った文献レビューを実施する

👤 博士課程学生、医師、企業研究者 ⏱ ~20 min intermediate

使うタイミング: 特定の遺伝子-疾患-薬剤の観点で文献リストが必要なとき

フロー
  1. 論文を検索する
    PubMedとEurope PMCで「KRAS G12C AND adagrasib」を2022〜2026年の範囲で検索し、ソース間で重複排除してください。✓ コピーしました
    → 重複排除済みの論文リスト
  2. 要約する
    被引用数上位10件について、タイトルと一行の要点をまとめてください。✓ コピーしました
    → 注釈付き文献目録

結果: 根拠のある出発点としての文献目録

組み合わせ: filesystem

薬剤の有害事象プロファイルを確認する

👤 薬剤師、安全性チーム ⏱ ~20 min intermediate

使うタイミング: 薬剤を推奨する前に、OpenFDA / Drugs@FDA のシグナルを確認したいとき

フロー
  1. 薬剤を検索する
    pembrolizumabについて:OpenFDA FAERSの有害事象上位を過去5年分、重篤度別に分類して表示してください。✓ コピーしました
    → ランク付けされた有害事象テーブル
  2. コンテキストを確認する
    FDA添付文書に基づく想定される有害事象プロファイルとFAERSのリアルワールドデータの比較はどうなっていますか?✓ コピーしました
    → 添付文書 vs リアルワールドの比較

結果: 添付文書と市販後データを組み合わせた根拠のある安全性の全体像

患者プロファイルに合致する臨床試験を探す

👤 臨床医、患者アドボケイト ⏱ ~25 min advanced

使うタイミング: 患者が標準治療の選択肢を使い尽くし、臨床試験のマッチングを行いたいとき

フロー
  1. 臨床試験をマッチングする
    ステージIV NSCLC、EGFRエクソン20挿入変異、米国施設でのPhase 2/3募集中の試験を探してください。✓ コピーしました
    → NCT ID付きの試験リスト
  2. 適格基準を要約する
    上位5件について、主要な組み入れ基準・除外基準を要約してください。✓ コピーしました
    → 試験ごとの適格基準カード

結果: 臨床ディスカッション用の優先順位付き臨床試験マッチリスト

組み合わせ

他のMCPと組み合わせて10倍の力を

biomcp + filesystem

エビデンスメモをローカルのMarkdownファイルとして保存する

バリアント BRCA2 c.7934del について1ページのエビデンスメモを作成し、~/research/brca2-7934.md に保存してください。✓ コピーしました

biomcpクエリ全体にわたる個人用文献ライブラリを構築する

biomcp経由でスターを付けた論文を、将来のRAGクエリ用にdocumentation-serverにも取り込んでください。✓ コピーしました

ツール

このMCPが提供する機能

ツール入力呼び出すタイミングコスト
gene symbol or id, sources?: str[] 遺伝子レベルの検索 multiple upstream calls
variant hgvs|rsid|position バリアントの解釈 multiple upstream calls
article query or pmid 文献検索 PubMed/Europe PMC/S2 calls
trial query/condition/phase/status 臨床試験のマッチング CT.gov + NCI CTS calls
drug name or id 薬剤プロファイルの取得 multiple calls
disease name or MONDO id 疾患コンテキストの取得 multiple calls
adverse_event drug or reaction 安全性分析 OpenFDA calls

コストと制限

運用コスト

APIクォータ
デフォルトで公開APIを使用。オプションのキーでレート制限を緩和可能:NCBI_API_KEY、S2_API_KEY、ONCOKB_TOKEN、OPENFDA_API_KEY、NCI_API_KEY
呼び出しあたりのトークン
統合エンティティのレスポンスは1〜5kトークン
金額
無料。一部のプレミアムソース(OncoKB clinicalなど)はキーがあってもライセンスが必要
ヒント
文献検索を多用する場合は、NCBI_API_KEY(無料)を取得してください — PubMedのレート制限が3倍に緩和されます。

セキュリティ

権限、シークレット、影響範囲

認証情報の保管: プロバイダーごとのAPIキーを環境変数で管理
データ送信先: 生物医学系の公開APIへの通信が発生します。クエリ自体にセンシティブな情報(患者のバリアントなど)が含まれる可能性があります。

トラブルシューティング

よくあるエラーと対処法

Rate limited on PubMed

NCBI_API_KEYを設定してレート制限を緩和してください。

確認: Check NCBI API Key page
OncoKB returns 403

OncoKBにはトークンが必要です。oncokb.orgで登録し、ONCOKB_TOKENを設定してください。

確認: curl -H 'Authorization: Bearer $ONCOKB_TOKEN' https://www.oncokb.org/api/v1/utils/numbers
No results for a known gene symbol

一部のシンボルにはエイリアスがあります。両方で試してください(例:ERBB2 と HER2)。

確認: Search on genecards.org

代替案

biomcp 他との比較

代替案代わりに使う場面トレードオフ
Individual databases via direct REST単一のソースのみが必要な場合重複排除やクロスリンクなし
OpenTargets Platform directly主にターゲット-疾患のエビデンスに関心がある場合カバー範囲が狭い

その他

リソース

📖 GitHub の公式 README を読む

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