/ الدليل / الملعب / scientific-agent-skills
← كل الخوادم ↗ GitHub
● مجتمع K-Dense-AI ⚡ فوري

scientific-agent-skills

بواسطة K-Dense-AI · K-Dense-AI/scientific-agent-skills

133 مهارة متخصصة تغطي المعلوماتية الحيوية واكتشاف العقاقير والبيانات السريرية والتعلم الآلي والكتابة العلمية — يصبح Claude شريك بحث موثوقاً.

مكتبة من مهارات الوكيل للسير العملية العلمية. كل مهارة فرعية (BioPython, RDKit, Scanpy, DeepChem, PyMC, بحث PubMed، إلخ) توفر ملف SKILL.md خاص بها مع أنماط الاستخدام والمراجع. عند تثبيت الحزمة، يتوقف Claude عن تخمين واجهات برمجة التطبيقات للمعلوماتية الحيوية ويتبع بدلاً من ذلك أساليب المجال الفعلية وأسماء الأدوات وتنسيقات البيانات.

▶ شاهد العرض 📦 التثبيت 💡 حالات الاستخدام

لماذا تستخدمه

الميزات الأساسية

عرض مباشر

كيف يبدو في الممارسة

scientific-agent-skill.replay ▶ جاهز
0/0

التثبيت

اختر العميل

~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json  · Windows: %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json
{
  "mcpServers": {
    "scientific-agent-skill": {
      "command": "git",
      "args": [
        "clone",
        "https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills",
        "~/.claude/skills/scientific-agent-skills"
      ],
      "_inferred": true
    }
  }
}

افتح Claude Desktop → Settings → Developer → Edit Config. أعد التشغيل بعد الحفظ.

~/.cursor/mcp.json · .cursor/mcp.json
{
  "mcpServers": {
    "scientific-agent-skill": {
      "command": "git",
      "args": [
        "clone",
        "https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills",
        "~/.claude/skills/scientific-agent-skills"
      ],
      "_inferred": true
    }
  }
}

يستخدم Cursor نفس مخطط mcpServers مثل Claude Desktop. إعدادات المشروع أولى من الإعدادات العامة.

VS Code → Cline → MCP Servers → Edit
{
  "mcpServers": {
    "scientific-agent-skill": {
      "command": "git",
      "args": [
        "clone",
        "https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills",
        "~/.claude/skills/scientific-agent-skills"
      ],
      "_inferred": true
    }
  }
}

انقر على أيقونة MCP Servers في شريط Cline الجانبي، ثم "Edit Configuration".

~/.codeium/windsurf/mcp_config.json
{
  "mcpServers": {
    "scientific-agent-skill": {
      "command": "git",
      "args": [
        "clone",
        "https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills",
        "~/.claude/skills/scientific-agent-skills"
      ],
      "_inferred": true
    }
  }
}

نفس الصيغة مثل Claude Desktop. أعد تشغيل Windsurf لتطبيق التغييرات.

~/.continue/config.json
{
  "mcpServers": [
    {
      "name": "scientific-agent-skill",
      "command": "git",
      "args": [
        "clone",
        "https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills",
        "~/.claude/skills/scientific-agent-skills"
      ]
    }
  ]
}

يستخدم Continue مصفوفة من كائنات الخادم بدلاً من خريطة.

~/.config/zed/settings.json
{
  "context_servers": {
    "scientific-agent-skill": {
      "command": {
        "path": "git",
        "args": [
          "clone",
          "https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills",
          "~/.claude/skills/scientific-agent-skills"
        ]
      }
    }
  }
}

أضف إلى context_servers. يعيد Zed التحميل تلقائيًا عند الحفظ.

claude mcp add scientific-agent-skill -- git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills ~/.claude/skills/scientific-agent-skills

أمر من سطر واحد. تحقق باستخدام claude mcp list. احذف باستخدام claude mcp remove.

حالات الاستخدام

استخدامات عملية: scientific-agent-skills

تشغيل تحليل RNA-seq ذي الخلية الواحدة باستخدام Scanpy

👤 البيولوجيين الحسابيين والباحثين بعد الدكتوراه في المعلوماتية الحيوية ⏱ ~30 min intermediate

متى تستخدمه: لديك ملف .h5ad وتريد مراقبة الجودة والتجميع و UMAP دون إعادة قراءة توثيق Scanpy.

المتطلبات الأساسية
  • Scanpy مثبت في بيئتك — pip install scanpy
  • مجموعة بيانات .h5ad — حمل من مستودع عام أو استخدم مجموعتك الخاصة
الخطوات
  1. أخبر Claude عن البيانات والهدف
    لدي pbmc3k.h5ad. استخدم مهارة scanpy للقيام بمراقبة الجودة والتطبيع والتجميع و UMAP. اشرح كل خطوة.✓ تم النسخ
    → يستدعي Claude دوال Scanpy الصحيحة بالترتيب الصحيح مع قيم افتراضية معقولة
  2. كرر على المعاملات
    أعد تشغيل التجميع مع دقة 0.8 وأظهر كيف تغيرت تسميات المجموعات.✓ تم النسخ
    → تعديل المعامل دون إعادة التخطيط للخط الأنابيب الكامل

النتيجة: دفتر ملاحظات قابل للتكرار بالإضافة إلى أشكال توضيحية، باستخدام Scanpy الاصطلاحي — بدون أسماء دوال مختلقة.

المزالق
  • نصيحة ML عامة من Claude تتجاهل اتفاقيات المجال — أرجع إلى المهارة بالاسم: 'استخدم مهارة scanpy'
اجمعها مع: filesystem

بناء مراجعة أدبية منظمة من PubMed + arXiv

👤 طلاب الدكتوراه والباحثين العلميين ⏱ ~45 min intermediate

متى تستخدمه: تحتاج إلى 30+ ورقة حول موضوع مع الملخصات وبيانات الاستشهاد، وليس فقط العناوين من Google.

الخطوات
  1. حدد النطاق
    استخدم مهارة البحث عن الأوراق. ابحث عن جميع أوراق PubMed و bioRxiv حول منبهات GLP-1 لزهايمر في السنوات الثلاث الماضية.✓ تم النسخ
    → يضرب Claude واجهات برمجة التطبيقات الصحيحة مع بناء جملة الاستعلام الصحيح
  2. جمع حسب الموضوع
    جمع حسب الفرضية (الالتهاب العصبي والأوعية الدموية والعصبي المباشر) وأعطني أفضل 3 أوراق لكل مجموعة.✓ تم النسخ
    → تجميع موضوعي مع بيانات وصفية جاهزة للاستشهاد

النتيجة: خريطة أدبية قابلة للمراجعة مع DOIs حقيقية وليس استشهادات مختلقة.

المزالق
  • يختلق Claude عناوين أوراق بدون المهارة — تحقق دائماً من DOIs — اجعل Claude يجلب سجل واحد لإثبات أنه حقيقي
اجمعها مع: fetch

ربط جزيء صغير ببروتين هدف مع DiffDock

👤 الكيميائيين الصيدليين والباحثين في اكتشاف العقاقير ⏱ ~20 min advanced

متى تستخدمه: لديك سلسلة SMILES وهدف PDB وتريد توقع موضع سريع من المحاولة الأولى.

المتطلبات الأساسية
  • بيئة DiffDock — اتبع وصفة إعداد البيئة من مهارة DiffDock
الخطوات
  1. قدم المجموعة الناشطة والمستقبل
    باستخدام مهارة diffdock، أربط SMILES 'CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O' إلى PDB 1ABC. أعطني أفضل 5 مواضع مع الدرجات.✓ تم النسخ
    → يشغل Claude أمر DiffDock الصحيح مع الأعلام الصحيحة
  2. تصور
    أنشئ نص PyMOL لرسم أفضل موضع.✓ تم النسخ
    → ملف .pml قابل للتنفيذ

النتيجة: توقعات الموضع جاهزة للتغذية في حساب الطاقة الحرة اللاحق.

المزالق
  • يختلق Claude أعلام لا توجد في DiffDock — مجلد مراجع المهارة يحتوي على واجهة سطر الأوامر الحقيقية — أصر على أن يستشير Claude ذلك
اجمعها مع: filesystem

التركيبات

اجمعها مع خوادم MCP أخرى لتحقيق نتائج x10

scientific-agent-skill + filesystem

تُنتج المهارات دفاتر ملاحظات وأشكال توضيحية؛ يخزن MCP نظام الملفات وينظم المخرجات

احفظ Scanpy UMAP إلى results/figures/ واكتب README للتجربة.✓ تم النسخ
scientific-agent-skill + arxiv

اقتران مهارة البحث عن الأوراق مع arxiv MCP للحصول على رسوم بيانية استشهاد أغنى

ابحث عن أوراق arXiv التي تستشهد بالورقة التي قرأتها للتو، مجمعة حسب القسم الذي تستشهد به.✓ تم النسخ

الأدوات

ما يوفره هذا الـ MCP

الأداةالمدخلاتمتى تستدعيهاالتكلفة
المعلوماتية الحيوية (BioPython, Scanpy, pysam, gget, scVelo) sequence / count matrix / BAM file سير عمل التسلسل أو الجينوميات أو الخلايا الفردية 0 — local compute
المعلوماتية الكيميائية (RDKit, Datamol, DeepChem, DiffDock, OpenMM) SMILES / PDB / MOL2 مشكلة جزيء صغير أو بنية بروتين أو ديناميكا 0
قواعس البيانات السريرية (ClinVar, COSMIC, ClinicalTrials.gov, FDA) gene / variant / trial ID البحث عن الأدلة السريرية أو حالة التجربة 0 — public APIs
البحث عن الأوراق (PubMed, bioRxiv, arXiv) query string, date range بحث أدبي مع استشهادات حقيقية 0
تدريب التعلم الآلي (PyTorch Lightning, Transformers, PyMC, TimesFM) dataset + config بناء نموذج مع استخدام إطار عمل اصطلاحي 0

التكلفة والحدود

تكلفة التشغيل

حصة API
تتمتع قواعس البيانات العامة (NCBI, PubMed) بحدود الاستخدام اللطيف الخاصة بها — عادة 3 طلب/ثانية
الرموز لكل استدعاء
مراجع SKILL.md كبيرة الحجم؛ توقع تحميل 2-5k رموز لكل مجال يتم لمسه
التكلفة المالية
مجاني — المهارات ملفات محلية؛ ادفع فقط مقابل الحساب الذي تشغله
نصيحة
حدد نطاق الفوري لمجال واحد في كل مرة حتى لا يحمل Claude كل SKILL.md.

الأمان

الصلاحيات والأسرار ونطاق الأثر

تخزين بيانات الاعتماد: لا توجد بيانات اعتماد في المهارة نفسها؛ يعمل NCBI/PubMed بشكل أفضل مع بريد إلكتروني في متغير البيئة لتحديد معدل لطيف
نقل البيانات الخارجي: فقط إلى واجهات برمجة التطبيقات العلمية العامة التي تختار الاستعلام عنها

استكشاف الأخطاء

الأخطاء الشائعة وحلولها

يستخدم Claude اسم دالة خاطئ من مكتبة المهارة

أخبره بإعادة قراءة مجلد مراجع المهارة؛ يجب أن يحمل preface SKILL.md تلقائياً.

تحقق: ls ~/.claude/skills/scientific-agent-skills/<skill>/references/
تم الوصول إلى حد معدل API على NCBI

أضف بريد إلكتروني إلى متغير البيئة NCBI_EMAIL وحد التزامن عند 3 طلب/ثانية.

لم يتم استدعاء المهارة على موجه ذي صلة

اذكر اسم المكتبة بشكل صريح ('استخدم مهارة rdkit') — الاستدعاء التلقائي غامض عبر 133 مهارة.

البدائل

scientific-agent-skills مقابل البدائل

البديلمتى تستخدمهاالمقايضة
ai-research-skill (Orchestra-Research)تريد البنية التحتية لأبحاث ML (التدريب والتوزيع والاستدلال) بدلاً من المختبر الرطب / السريريالمزيد من أنظمة ML وأقل عمقاً في مجال الأحياء / الكيمياء
biomcpتريد خادم MCP (أدوات حية) بدلاً من مهارات حزمة الفوريتنفذ MCPs الاستدعاءات؛ المهارات فقط تعلم Claude كتابة الأكواس الصحيحة

المزيد

الموارد

📖 اقرأ ملف README الرسمي على GitHub

🐙 تصفح القضايا المفتوحة

🔍 تصفح أكثر من 400 خادم MCP و Skills