/ الدليل / الملعب / biomcp
● مجتمع genomoncology ⚡ فوري

biomcp

بواسطة genomoncology · genomoncology/biomcp

استعلم عن الجينات والمتغيرات والتجارب والعقاقير والأوراق البحثية من أكثر من 20 قاعدة بيانات حيوية — ClinVar و PubMed و ClinicalTrials.gov — من خلال MCP واحد.

يوحد BioMCP من Genomoncology الوصول إلى البيانات الحيوية: الجينات (MyGene و UniProt و Reactome و STRING و GTEx)، والمتغيرات (ClinVar و gnomAD و CIViC و OncoKB)، والمقالات (PubMed و Europe PMC و Semantic Scholar)، والتجارب السريرية (ClinicalTrials.gov و NCI)، والعقاقير (ChEMBL و OpenTargets و Drugs@FDA)، والأمراض والمسارات البيوكيميائية والبروتينات والأحداث الضارة وغير ذلك.

لماذا تستخدمه

الميزات الأساسية

عرض مباشر

كيف يبدو في الممارسة

biomcp.replay ▶ جاهز
0/0

التثبيت

اختر العميل

~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json  · Windows: %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json
{
  "mcpServers": {
    "biomcp": {
      "command": "TODO",
      "args": [
        "See README: https://github.com/genomoncology/biomcp"
      ],
      "_inferred": true
    }
  }
}

افتح Claude Desktop → Settings → Developer → Edit Config. أعد التشغيل بعد الحفظ.

~/.cursor/mcp.json · .cursor/mcp.json
{
  "mcpServers": {
    "biomcp": {
      "command": "TODO",
      "args": [
        "See README: https://github.com/genomoncology/biomcp"
      ],
      "_inferred": true
    }
  }
}

يستخدم Cursor نفس مخطط mcpServers مثل Claude Desktop. إعدادات المشروع أولى من الإعدادات العامة.

VS Code → Cline → MCP Servers → Edit
{
  "mcpServers": {
    "biomcp": {
      "command": "TODO",
      "args": [
        "See README: https://github.com/genomoncology/biomcp"
      ],
      "_inferred": true
    }
  }
}

انقر على أيقونة MCP Servers في شريط Cline الجانبي، ثم "Edit Configuration".

~/.codeium/windsurf/mcp_config.json
{
  "mcpServers": {
    "biomcp": {
      "command": "TODO",
      "args": [
        "See README: https://github.com/genomoncology/biomcp"
      ],
      "_inferred": true
    }
  }
}

نفس الصيغة مثل Claude Desktop. أعد تشغيل Windsurf لتطبيق التغييرات.

~/.continue/config.json
{
  "mcpServers": [
    {
      "name": "biomcp",
      "command": "TODO",
      "args": [
        "See README: https://github.com/genomoncology/biomcp"
      ]
    }
  ]
}

يستخدم Continue مصفوفة من كائنات الخادم بدلاً من خريطة.

~/.config/zed/settings.json
{
  "context_servers": {
    "biomcp": {
      "command": {
        "path": "TODO",
        "args": [
          "See README: https://github.com/genomoncology/biomcp"
        ]
      }
    }
  }
}

أضف إلى context_servers. يعيد Zed التحميل تلقائيًا عند الحفظ.

claude mcp add biomcp -- TODO 'See README: https://github.com/genomoncology/biomcp'

أمر من سطر واحد. تحقق باستخدام claude mcp list. احذف باستخدام claude mcp remove.

حالات الاستخدام

استخدامات عملية: biomcp

فحص المتغير الجيني للمريض لتحديد الملاءمة السريرية

👤 المستشارون الوراثيون والباحثون السريريون ⏱ ~15 min advanced

متى تستخدمه: أعادت تعليقة VCF متغيراً لم تره من قبل — هل يمكن اتخاذ إجراء بناءً عليه؟

المتطلبات الأساسية
  • تثبيت biomcp — curl -fsSL https://biomcp.org/install.sh | bash
الخطوات
  1. البحث عن المتغير
    ابحث عن BRCA2 c.7934del. أهمية ClinVar والتكرار في gnomAD وأي دليل من CIViC.✓ تم النسخ
    → بطاقة موحدة من مصادر متعددة
  2. جلب الأوراق البحثية الداعمة
    ابحث عن أكثر 3 مقالات مستشهد بها في PubMed حول هذا المتغير.✓ تم النسخ
    → قائمة المقالات مع PMIDs
  3. التحقق من التجارب
    هل توجد أي تجارب سريرية مفتوحة تجند حاملي طفرات BRCA2؟✓ تم النسخ
    → قائمة التجارب من ClinicalTrials.gov

النتيجة: صورة متعددة المصادر للمتغير مع مؤشرات الأدلة.

المزالق
  • ليس بديلاً عن المراجعة السريرية — اطلب دائماً من طبيب مؤهل أن يقوم بالمراجعة — هذا مساعد بحثي وليس تشخيصاً
  • قد تختلف بعض المصادر حول تصنيف المتغير — اعرض الاختلافات بوضوح؛ لا تأخذ المتوسط الحسابي لها

إجراء مراجعة أدبية موجهة

👤 طلاب الدكتوراه والأطباء والباحثون الصناعيون ⏱ ~20 min intermediate

متى تستخدمه: تحتاج إلى قائمة مراجع حول زاوية معينة للجين والمرض والعقار.

الخطوات
  1. البحث عن المقالات
    ابحث في PubMed و Europe PMC عن 'KRAS G12C AND adagrasib' 2022-2026. أزل التكرار عبر المصادر.✓ تم النسخ
    → قائمة مقالات بدون تكرار
  2. تلخيص
    بالنسبة إلى أكثر 10 مقالات من حيث عدد الاستشهادات، أعطني العنوان والفكرة الرئيسية بسطر واحد.✓ تم النسخ
    → قائمة مراجع معلقة

النتيجة: قائمة مراجع بدء قابلة للدفاع عنها.

اجمعها مع: filesystem

التحقق من ملف الأحداث الضارة للعقار

👤 قسم الصيدلة وفرق السلامة ⏱ ~20 min intermediate

متى تستخدمه: قبل التوصية بعقار، تحقق من إشارات OpenFDA و Drugs@FDA.

الخطوات
  1. الاستعلام عن العقار
    بالنسبة إلى pembrolizumab: أعلى الأحداث الضارة حسب OpenFDA FAERS، آخر 5 سنوات، مقسمة حسب درجة الخطورة.✓ تم النسخ
    → جدول الأحداث الضارة المصنفة
  2. السياق
    ما ملف الأحداث الضارة المتوقع وفقاً لملصق FDA مقابل البيانات الحقيقية من FAERS؟✓ تم النسخ
    → مقارنة الملصق والبيانات الحقيقية

النتيجة: صورة سلامة مؤسسة تجمع بين بيانات الملصق وبيانات ما بعد التسويق.

البحث عن تجارب سريرية تتطابق مع ملف تعريف المريض

👤 الأطباء ومدافعو المرضى ⏱ ~25 min advanced

متى تستخدمه: استنفد المريض الخيارات القياسية وتريد البحث عن تجارب متطابقة.

الخطوات
  1. مطابقة التجارب
    ابحث عن تجارب المرحلة 2/3 التي تجند لسرطان الرئة ذو الخلايا غير الصغيرة من المرحلة الرابعة مع إدراج exon 20 في EGFR، المواقع في الولايات المتحدة.✓ تم النسخ
    → قائمة التجارب مع معرفات NCT
  2. ملخص معايير الأهلية
    بالنسبة إلى أفضل 5، ألخص معايير الإدراج والاستبعاد الرئيسية.✓ تم النسخ
    → بطاقة أهلية لكل تجربة

النتيجة: قائمة مطابقة التجارب المصنفة حسب الأولويات للمناقشة السريرية.

التركيبات

اجمعها مع خوادم MCP أخرى لتحقيق نتائج x10

biomcp + filesystem

حفظ ملاحظات الأدلة كـ markdown محلي

بالنسبة إلى المتغير BRCA2 c.7934del، أنشئ ملخص دليل من صفحة واحدة واحفظه في ~/research/brca2-7934.md.✓ تم النسخ

بناء مكتبة أدبية شخصية عبر استعلامات biomcp

كل مقالة أضعها نجمة عبر biomcp، أدرجها أيضاً في documentation-server للاستعلامات المستقبلية من نوع RAG.✓ تم النسخ

الأدوات

ما يوفره هذا الـ MCP

الأداةالمدخلاتمتى تستدعيهاالتكلفة
gene symbol or id, sources?: str[] البحث عن الجينات multiple upstream calls
variant hgvs|rsid|position تفسير المتغير multiple upstream calls
article query or pmid البحث عن الأدبيات PubMed/Europe PMC/S2 calls
trial query/condition/phase/status مطابقة التجارب السريرية CT.gov + NCI CTS calls
drug name or id ملف العقار multiple calls
disease name or MONDO id سياق المرض multiple calls
adverse_event drug or reaction تحليل السلامة OpenFDA calls

التكلفة والحدود

تكلفة التشغيل

حصة API
واجهات برمجة التطبيقات العامة بشكل افتراضي. المفاتيح الاختيارية ترفع الحدود: NCBI_API_KEY و S2_API_KEY و ONCOKB_TOKEN و OPENFDA_API_KEY و NCI_API_KEY
الرموز لكل استدعاء
ردود الكيانات الموحدة 1-5k tokens
التكلفة المالية
مجاني؛ بعض المصادر المتميزة (OncoKB clinical) تتطلب ترخيصاً حتى مع المفتاح
نصيحة
للعمل الأدبي الثقيل، احصل على NCBI_API_KEY (مجاني) — يثلث معدل PubMed.

الأمان

الصلاحيات والأسرار ونطاق الأثر

تخزين بيانات الاعتماد: متغيرات البيئة لكل مفتاح موفر
نقل البيانات الخارجي: استدعاءات لواجهات برمجة التطبيقات العامة الحيوية؛ الاستعلامات نفسها يمكن أن تكون حساسة (متغيرات المريض إلخ)

استكشاف الأخطاء

الأخطاء الشائعة وحلولها

محدود المعدل في PubMed

عيّن NCBI_API_KEY للحصول على حدود أعلى.

تحقق: تحقق من صفحة مفتاح NCBI API
يعود OncoKB بـ 403

يتطلب OncoKB رمزاً؛ قم بالتسجيل في oncokb.org وعيّن ONCOKB_TOKEN.

تحقق: curl -H 'Authorization: Bearer $ONCOKB_TOKEN' https://www.oncokb.org/api/v1/utils/numbers
لا توجد نتائج لرمز جين معروف

لبعض الرموز أسماء بديلة؛ جرب كليهما (مثال ERBB2 مقابل HER2).

تحقق: ابحث في genecards.org

البدائل

biomcp مقابل البدائل

البديلمتى تستخدمهاالمقايضة
قواعد البيانات الفردية عبر REST المباشرتحتاج فقط إلى مصدر واحدلا يوجد إزالة تكرار أو ربط تقاطعي
منصة OpenTargets مباشرةتهتم بشكل أساسي بأدلة الهدف والمرضتغطية أضيق

المزيد

الموارد

📖 اقرأ ملف README الرسمي على GitHub

🐙 تصفح القضايا المفتوحة

🔍 تصفح أكثر من 400 خادم MCP و Skills